Auch Shotgun Sequencing genannt. Ein älteres Verfahren der Gentechnik, um eukaryotische DNA-Stücke zu gewinnen, die in Viren oder Prokaryoten eingebaut werden sollen.
Das Shotgun cloning ist eine "Holzhammermethode", die Ende der 70er Jahre des letzten Jahrhunderts von Craig VENTER entwickelt wurde. Mit Hilfe von Restriktionsendonucleasen oder durch Einsatz physikalischer Methoden (Scherkräfte) wird das komplette Genom des Spenderorganismus in handliche Bruchstücke zerlegt. Man erhält dabei eine Vielzahl von unterschiedlichen DNA-Sequenzen. Interessant sind aber nur die DNA-Bereiche, die etwa Genlänge besitzen, also ca. 5000 bis 20000 Basenpaare lang sind.
Die durchschnittliche Länge eines solchen Bruchstücks kann man durch die Wahl der Restriktionsendonuclease bestimmen, die eingesetzt wird. Schneidet das gewählte Enzym an häufig vorkommenden Stellen (z.B. ACCTG), so ist die Zahl der Fragmente hoch, und jedes Fragment ist entsprechend kurz. Nimmt man dagegen eine Restriktionsendonuclease, welche an seltener vorkommenden Stellen schneidet, so ist die Zahl der Bruchstücke relativ klein, und die Fragmente sind recht lang.
Ein Problem hat man aber immer, ganz egal, wie lang die Bruchstücke auch sind: Auf welchem Fragment befindet sich eigentlich das Gen, welches in das Plasmid eingebaut werden soll?
Angenommen, die DNA einer Menschenzelle wird in 5000 Fragmente zerlegt. Dann weiß man nicht, welches dieser Fragmente das Insulingen enthält. Also müsste man 5000 Klonierungsexperimente machen, jedes DNA-Fragment in eine Plasmid einbauen und in Bakterienzellen einsetzen und dann testen, ob eine dieser Bakterienzellen Insulin produziert. Insgesamt also ein sehr aufwändiges Verfahren.