Lysosomen sind Golgi-Vesikel, welche Verdauungsenzyme enthalten.
Die Verdauungsenzyme werden von den Ribosomen am rauen ER hergestellt und gelangen zunächst in das ER, wo sie weiterverarbeitet werden. Dann werden sie in ER-Vesikel verpackt und zur cis-Seite der Dictyosomen (Golgi-Apparat) transportiert. Im Golgi-Apparat werden die Enzyme weiter modifiziert. Sind sie auf der trans-Seite des jeweiligen Dictyosoms angekommen, werden die Verdauungsenzyme in Golgi-Vesikel verpackt und als primäre Lysosomen abgeschnürt.
Die Zelle nimmt durch Phagocytose kleinere Lebewesen oder Teile von Lebewesen auf. Die Nahrungsvakuolen, die auf diese Weise entstehen, sind ebenfalls von einer einfachen Biomembran umschlossen.
Im Zellplasma verschmelzen diese Nahrungsvakuolen dann mit den primären Lysosomen zu sogenannten sekundären Lysosomen. Hier findet jetzt die eigentliche Verdauung statt. Proteine weden in Aminosäuren zerlegt, Lipide in Glycerin und Fettsäuren und so weiter. In den primären und sekundären Lysosomen herrscht ein recht saures Milieu (pH < 6). Platzt ein Lysosom aus Versehen, so können die entweichende Säure und die entweichenden Verdauungsenzyme Schaden in der Zelle anrichten.
Es gibt allerdings bei vielen Zellen einen "geplanten Selbstmord", bei dem zielgerichtet viele Lysosomen produziert werden, die sich dann im Cytoplasma öffnen und zum Absterben der Zelle führen. Bei der Umgestaltung von Geweben, zum Beispiel bei der Metamorphose von Insekten (wenn also beispielsweise aus einer Raupe ein Schmetterling wird oder wenn eine Kaulquappe ihren Schwanz verliert), spielt diese Apoptose (freiwilliger Zelltod) eine wichtige Rolle.